La fecha, 7 (5) disputada el 3 de junio, debutó Reinaldo Rueda al mando como nuevo director técnico de la selección y se estrenaría con victoria en Lima ante Perú, ganando por 3-0 con goles de Yerry Mina de cabeza, Mateus Uribe nuevamente de cabeza tras una espectacular jugada de Juan Guillermo Cuadrado y cerro la goleada tricolor, camiseta de boca juniors Luis Díaz tras un derechazo. Víctor Hugo Aristizábal terminó como goleador del torneo con 6 anotaciones. En 2001, Colombia fue sede de la Copa América 2001, quedó encuadrada en el grupo A junto a Chile, Ecuador y Venezuela, terminó invicta con puntaje ideal ganándole a Venezuela por 2-0 con goles de Víctor Hugo Aristizábal y Freddy Grisales, 1-0 a ecuador con gol de Aristizábal y 2-0 a chile con goles de Aristizábal y Arriaga pasando a cuartos de final, en cuartos se enfrentó a Perú, Aristizábal rompió el marcador en el minuto 50 poniendo el 1:0, en el minuto 65 Hernández marcó el segundo tanto del partido y 3 minutos después Víctor Hugo Aristizábal marcó su segundo gol dejando como final un 3:0 a favor de Colombia.
Tras un comienzo irregular, Colombia consiguió 4 puntos en las primeras cuatro jornadas, esto tras conseguir una victoria ante Perú de local en Barranquilla, un empate como visitante ante Chile y derrotas ante Uruguay en Montevideo y Argentina de local. Con una selección «virtualmente» eliminada, Pékerman concluiría la eliminatoria con una victoria -4-1 sobre Bolivia- y tres derrotas en fila ante Uruguay, Argentina y Colombia, concluyendo así la peor eliminatoria mundialista en veinticuatro años. En 2015, iniciaría un nuevo proceso de cara a la Copa Mundial 2018, ya sin la presencia de experimentados como Mario Yepes, Luis Amaranto Perea o Faryd Mondragón, la selección participó de la Copa América realizada en Chile, siendo ubicada en el grupo C junto a las selecciones de Brasil, Perú y Venezuela; con una actuación irregular en su grupo, la selección clasificó a los cuartos de final como uno de los mejores terceros, culminando su participación tras enfrentar en la siguiente ronda a Argentina, siendo eliminada por esta en la tanda de penales.
Nuevos jugadores aparecieron y otros se mantuvieron, a jugadores como Faryd Mondragón, Aquivaldo Mosquera, Luis Amaranto Perea, Mario Yepes se les dio continuidad; por otra parte, Aldo Leao Ramírez, Edwin Valencia, Juan Guillermo Cuadrado, Teófilo Gutiérrez, Carlos Bacca y los juveniles Juan Fernando Quintero y Luis Fernando Muriel fueron seleccionados para hacer parte de este proceso, logrando una combinación entre experiencia, juventud y revelación. Los aires expansionistas continuaron en 1961, abriendo una temporada dividida en dos semestres: uno de ordenamiento y otro de campeonato oficial: Participaron 24 equipos divididos en 3 grupos de 8, los cuatro mejores equipos de cada grupo clasificaron a la Liga Nacional oficial de 12 equipos, mientras que los 12 equipos que no lograron estar entre los cuatro primeros de sus respectivos grupos conformaron la primera Liga Primera División de Ascenso oficial. El 14 de febrero de 2007 fue realizado el sorteo de los equipos para la fase de grupos. El dinero del premio se vio incrementado significativamente desde la temporada 2009 y los clubes pueden ganar algo de dinero en premios, incluso en la fase de grupos, dependiendo de su desempeño. Por otro lado, la LMB firmó un acuerdo único en su tipo con Facebook, para transmitir en exclusiva un total de 132 juegos de temporada regular y ocho de Playoffs (cuatro por cada campeonato) durante su Temporada «Alfredo Harp Helú» 2018, a través de Facebook Live.
Desde la temporada 2009, el campeón defensor ya no recibe un puesto automático en la siguiente edición de la Liga de Campeones, obligándolo a clasificarse a través de su respectiva liga nacional. Patrocinar a equipos o jugadores puede proporcionar una exposición significativa a nivel nacional e internacional. Eso se debería a que una de las plazas es para un equipo ACB anfitrión de la ciudad que organiza el torneo. 5 Chile clasificó automáticamente por ser anfitrión de la Copa. Colombia llegaba como la vigente campeona continental después de conquistar el campeonato en 2001. La selección nacional, dirigida entonces por el técnico Reinaldo Rueda fue emparejada en el Grupo A junto al anfitrión Perú, Bolivia y Venezuela. Semanas previas al primer partido por las eliminatorias sudamericanas a disputarse ante Bolivia en La Paz, el director técnico para ese entonces, estuvo involucrado en un escándalo extradeportivo que obligó a la Federación a desafectarlo de su cargo como entrenador de la absoluta.