↑ «Duke Freshman Jahlil Okafor to Enter NBA Draft». ↑ Thamel, Pete (20 de marzo de 2009). «James Harden’s Style at Guard Masks His Ability at Arizona State». A mitad de marzo el equipo se hace con los servicios de Daniel Clark pívot de procedencia británica y conocedor de la liga Endesa por su estancia en varios equipos como Estudiantes, Baskonia o Andorra. En el partido de vuelta, el resultado fue de 1-1 y el equipo del sur de Brasil se consagró campeón del certamen. Hay que mencionar también su participación en la Supercopa Sudamericana, donde llegó hasta octavos de final, siendo eliminado por el Cruzeiro de Brasil, empató 1-1 en Medellín y cayó goleado por 8-0 en el partido de vuelta en Belo Horizonte. El partido de ida fue el 19 de abril, en Medellín con victoria 1-0. El de vuelta en Bogotá, el 26 de abril, terminó 1-1 y se clasificó así a la siguiente ronda, la semifinal. Además, como campeón de la Libertadores, tuvo el derecho de disputar la Recopa Sudamericana frente a Boca Juniors, campeón de la Supercopa de 1989; el marcador fue 1-0 a favor del equipo argentino. Además ese mismo año se produjo el debut de Víctor Hugo Aristizabal, el 13 de agosto, frente al Pereira.
Ganó 4 partidos y empató 2. Cabe destacar que Nacional se coronó de nuevo campeón frente al América de Cali como en 1981, luego de haberlo vencido 2-1. Ese año, en la Copa Libertadores avanzó nuevamente a las semifinales, donde de nuevo fue eliminado por Olimpia de Paraguay. El mismo año iba a participar en la Supercopa, pero fue forzado a renunciar por una sanción de la CONMEBOL tras un partido de la Copa Libertadores de ese año contra Vasco da Gama. Ese año obtiene el subcampeonato en el torneo nacional, detrás del América de Cali. En 1995 logró el subcampeonato de la Copa Libertadores, luego de haber clasificado segundo de su grupo, atrás de Millonarios. En cuartos de final, enfrentó nuevamente a Millonarios. En octavos de final superó al Peñarol, en cuartos de final, el verdolaga se volvió a encontrar con Millonarios y tomó revancha tras la primera ronda (igual que en la Copa de 1989). La semifinal tuvo a Nacional contra el River Plate de Argentina, al cual venció 1-0 en Medellín con un gol de René Higuita de tiro libre. En la fase de octavos de final, el 5 de abril, enfrentó en Medellín al Racing Club y ganó 2-0. En el juego de vuelta cayó por 1-2, aunque en el resultado global, Nacional se impuso por 3-2 y logró pasar de ronda.
El 25 de julio de 1990 en Medellín, Nacional jugó contra el Club Universidad Nacional de México por la Copa Interamericana, allí ganó el verde 2-0. Siete días después en el partido de vuelta en la Ciudad Universitaria de México, Nacional volvió a triunfar, esta vez 4-1. En el resultado global, Nacional le ganó 6-1 a los Pumas de la UNAM. La barra fue fundada el 20 de noviembre de 1997 en Medellín, y más tarde fueron apareciendo las demás filiales de «Los Del Sur» en las principales ciudades del país. Dos temporadas más tarde gracias a la campaña del conjunto capitaneado por Vildoza y comandado por Flor, el Cervecero clasificaría nuevamente a la Liga Sudamericana de Clubes. En la parte deportiva llegó hasta octavos de final en la Supercopa Sudamericana. De igual forma se hizo con el Unterhaching -que durante muchos años recibió su ayuda financiera hasta encontrar estabilidad-, no obstante en 2012 se produjo un amistoso con el fin de salvar al equipo.
René Higuita, quien fue la figura detuviendo 4 cobros del equipo paraguayo. En el certamen, Vélez disputó 13 encuentros con 9 victorias -Independiente, Estudiantes (BA), Tigre, Atlanta, Estudiantil Porteño, San Isidro Club, San Lorenzo, Platense y Sportivo Barracas-, empató 2 -River Plate y Defensores de Belgrano- y perdió 2 -Racing y Gimnasia y Esgrima LP- con 21 goles a favor y 8 tantos en contra, con lo que logró ser la valla menos vencida del torneo. Después de ser primero en la reclasificación, en los cuadrangulares semifinales le correspondió jugar con el Medellín, Envigado y el Deportivo Cali, al final de este, quedó primero con 10 puntos. Atlético Nacional, por ser el subcampeón de aquella Copa Libertadores, se enfrentó al Saprissa de Costa Rica, campeón de la Copa de Campeones de la CONCACAF 1995, en partido único, jugado en la casa de los ticos. En 1997, disputó la Copa Interamericana que debió haberse jugado en 1995, ante la renuncia del campeón de la Libertadores de 1995, el Gremio de Porto Alegre.