En 1913 se trasladan de la Quinta da Ferreyra para Sete Ríos, pero debido al elevado precio del alquiler del campo, cuatro años después el equipo se vuelve a trasladar al campo de Benfica, camiseta real zaragoza donde en 1919 se realiza por primera vez en toda la península ibérica partidos nocturnos. En 1912 asumió la presidencia el exjugador Julián Ruete (quien finalmente también ejercería como entrenador), dándose los últimos pasos para la desvinculación con el Athletic vasco aprovechando que el fútbol español se estructuró federativamente en primer lugar con la creación de la Federación Española de Fútbol el 29 de septiembre de 1913 y en segundo, con la creación de la Federación Regional Centro el 20 de octubre de 1913. Julián Ruete y Manuel Gómez, secretario del club, tomaron la decisión de modificar los estatutos de la sociedad, ya que era un requisito indispensable e inscribieron al club como sociedad independiente en el organismo federativo de la región centro. A finales del año 1909, Juan Elorduy, uno de los jugadores del Athletic madrileño, hizo un viaje a Inglaterra, entre otras cuestiones, para aprovisionar a los dos equipos de camisetas blanquiazules del Blackburn Rovers Football Club. El cambio en el color de la camiseta también acabó motivando que ambos clubes, vizcaíno y madrileño, modificaran en consonancia sus hasta entonces blanquiazules escudos.
El partido no llegó a finalizar, ya que la Gimnástica se retiró tras dar por válido el árbitro un gol que suponía la victoria para los rojiblancos. Copa de Europa», y anotaría al 57′ el único gol del partido ante el Saint-Étienne para ganar por tercera vez la Copa de Campeones de Europa. El Athletic de Madrid estrenaría por primera vez en competición estos nuevos colores el 22 de enero de 1911, en la segunda edición de la Copa Rodríguez Arzuaga, ante la Real Sociedad Gimnástica Española. El 1 de enero de 1911, el Athletic Club de Madrid disputó un partido amistoso ante el Athletic Club de Bilbao que acabó con empate a dos en el campo de Lamiako vizcaíno. Entonces, el directivo del Athletic madrileño, Manuel Rodríguez Arzuaga, le dijo lo siguiente: “Cuando vuelvas a Madrid después de Reyes te las traes, que yo las pago todas”. Y dejando en manos de las asociaciones nacionales la posibilidad de enviar al campeón vigente, camiseta manchester pero en detrimento del último clasificado en puestos de acceso a la misma y siempre previa solicitud a la UEFA por parte de la asociación. El Liverpool perdió 1-0, pero Alonso ya estaba recibiendo algunos elogios por sus habilidades en el pase por parte de la prensa.
En 1915, Manuel Alonso, el primer tenista español en formar parte del Hall of Fame del tenis mundial, condujo al club a sus primeros títulos oficiales y nacionales: la Copa del Rey de hockey hierba y el Campeonato de España de Tenis. El cambio de estadio supuso que se potenciaran las secciones deportivas ajenas al football que habían sido inauguradas durante el mandato de De Acha, siendo habitual que destacaran jugadores en varias disciplinas (como Andrés Tuduri, futuro Presidente de la Federación Española de Atletismo, quien en sus doce temporadas en el club desde 1916 alzó varios títulos tanto en football como en hockey). Juanito Elorduy recordó que había dejado guardadas en casa de sus abuelos una caja con veinticinco de las equipaciones que trajo de Inglaterra. «derbi madrileño». Esta paulatina incorporación al Athletic madrileño de elementos ajenos a su homólogo vizcaíno motivó, primero, que decidiera obtener la ya mentada personalidad jurídica propia en 1907 y, después, que fuera reduciendo de facto su relación con el Athletic de Bilbao, contando desde 1917 con un escudo propio puramente madrileño, con la osa y el madroño, distinto del que lucía el Athletic bilbaíno. El Athletic madrileño, gracias al apoyo de su también poderoso homólogo vizcaíno en sus primeros años de vida, resistió esos envites, acogiendo a los socios y aficionados «huérfanos» de esos clubes extintos.
A partir de ese momento, el Athletic madrileño podía participar en el Campeonato de España (por primera vez en sus diez años de historia), siempre y cuando fuese el campeón del campeonato regional, aunque coincidiese con el Athletic Club de Bilbao. A pesar de ello, y a diferencia de lo que sucedería con el Athletic bilbaíno, el color azul seguiría estando vinculado al club madrileño, luciéndolo en sus pantalones de forma definitiva desde 1921 para diferenciarse del conjunto vasco. Dicho esto, su condición de sucursal era peculiar, pues los madrileños contaban con una junta directiva propia y diferenciada de la de los bilbaínos desde el momento de su constitución (lo cual asemejaría al equipo madrileño, jurídicamente, más bien a una filial societaria y/o deportiva). El 20 de febrero de 1907, el Athletic Club de Madrid se inscribió en el Registro de Asociaciones, obteniendo una personalidad jurídica propia y diferenciada de la del Athletic Club, por lo que dejó de ser una sucursal. Athletic Club (Sucursal de Madrid).